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單細胞測序前的3大關(guān)鍵問題,您都處理對了嗎?
發(fā)布時間:2020-07-03瀏覽次數(shù):1298返回列表
在無數(shù)實戰(zhàn)經(jīng)驗中,制備高質(zhì)量的單細胞懸液被公認為重中之重。實驗過程中,如單細胞活性不高,細胞數(shù)過低,以及污染和雜質(zhì)等問題,都會影響到有效單細胞數(shù)的產(chǎn)出、單細胞核酸的質(zhì)量等,zui終得到的單細胞數(shù)據(jù)分析及統(tǒng)計結(jié)果不可信。
那么,組織如何解離?需要選什么酶?還需要注意什么?科技君根據(jù)相關(guān)權(quán)-威文獻整理了單細胞懸液制備的方法和小貼士,讓我們一起來解決單細胞研究方案中的攔路虎。
實體組織解離關(guān)鍵——酶的合理選擇
實體組織解離兩大步驟,包含機械分離和酶消化處理。
先,組織需要通過物理切割或刀片切碎,然后通過酶消化來分離細胞。特定的組織消化酶及消化時間不同,相關(guān)建議可參考如下表格:人和小鼠的部分組織類型——肝臟、肺、皮膚、脾臟、消化道、胰腺、腎臟、視網(wǎng)膜等[1]。
表1 人鼠各類型組織酶解單細胞懸液方法總結(jié)[1]
除此之外,常用酶的類型還包括:Accutase?、彈性蛋白酶和膠原酶,以及商業(yè)酶混合物,如 TrypLE Express 和 Liberase Blendzyme 等[1],
另外,科技君也總結(jié)已發(fā)表文獻中常見實體組織解離所采用的酶,供大家參考,步驟詳見參考文獻:
小鼠心臟肌肉組織:Collagenase IV and Dispase II[2]
上皮組織:dispase(Corning) -商業(yè)化試劑[3]
小鼠胚胎組織:TrypLE Express[4]
乳-腺癌及其癌旁組織: Liberase TL (Sigma) -商業(yè)化試劑[5]
小鼠主動脈血管:Collagenase type II (C6885, Sigma Aldrich) 和 Elastase (LS002292, Worthington Biochemistry)[6]
小鼠腦垂體:Collagenase type II, trypsin, DNase I,amphotericin B 混合[7]
血液處理成關(guān)鍵——離心穩(wěn)定操作[1]
樣品經(jīng)過密度離心(例如使用Ficoll-Paque或Histopaque-1077技術(shù)),可以直接用于外周血單核細胞(PBMC)捕獲[1]。
建議不少于5mL EDTA 抗凝血,且不要使用肝素抗凝管收集血液;同時注意在合適轉(zhuǎn)數(shù)離心操作后,管中內(nèi)容物分為三層,上層為血漿(內(nèi)含細胞碎片),中間層為分層液,底層為紅細胞,在上、中層液體界面處可見到乳白色混濁的單核細胞層( 白膜層,?。?。此時,需使用無菌吸管小心沿離心管壁周緣吸取界面層單核細胞后,再加入HBSS /PBS重懸。geng多注意事項請參見華大科技單細胞送樣建議。
單細胞懸液制備的8條建議[1]
1. 建議采用無菌樣品處理方式,包括使用不含核酸酶的試劑和耗材。
2. 為降低對細胞的損傷,移液和離心應保持在zui低程度。在一定的離心速度、時間和溫度下,細胞濃度和大小直接影響制備的效率。
3. 在進行細胞清洗和重懸過程中,使用具有合適大小的器皿,避免高濃度導致細胞集聚和結(jié)塊,請注意選擇。
4. 應使用適當大小的細胞過濾器過濾懸浮液,孔徑大于細胞直徑,以去除團塊和碎片。
5. 細胞清洗和復蘇,推薦使用含牛血清的磷酸鹽緩沖鹽水(不含鈣和鎂),減少細胞損失和聚集的白蛋白。
6. 細胞裂解升高可導致細胞團塊形成,在細胞分離過程中,DNase I可減少細胞團塊形成。
7. 細胞團塊會導致自動細胞計數(shù)器低估單個細胞的有效濃度,因此制備后應盡快處理懸浮液,zui-好在30分鐘內(nèi)處理。
8. 總之,在單細胞制備中,盡可能減少細胞聚集物、死亡細胞、非細胞核酸和逆轉(zhuǎn)錄(RT)抑制劑是非常重要的。為了在zui大限度地提高不同細胞類型的純度和無偏回收率的同時,zui小化這些污染物,可能需要應用優(yōu)化,例如,調(diào)整洗滌步驟的數(shù)量、洗滌溶液的組成、離心條件和/或過濾器類型。